Vernoemd in 1002 document van Koning Heinrich II aan abdij Niedermünster in Regensburg, was gebouwd op een geografisch belangrijke plaats: de natuurlijke kruising vd Donau. In 10e Eeuw Techindorf genoemd. Met het uitsterven der Babenbergs en graven von Bogen (1242) vestigde Haus von Wittelsbach zich in het voormalige graafschap Deggendorf en de gemeente werd verbouwd. Tot 1316 werd Deggendorf bevorderd met privileges en voordelen, 1320 stadsrechten.Deggendorf werd alzo een magneet voor markt en handel voor de omgeving. 1337 Werd tijdens een pogrom de Joodse Gemeenschap van Deggendorf volledig verwoest: na het het zogenaamde “Sacrament van Mirakel” (toen een aantal joden werden verbrand na beschuldigd te zijn van het ontwijden van hosties) werd tot 1992 een jaarlijkse bedevaart gehouden naar de Heilig Grabkirche (zogenaamde Deggendorfer Gnad), deze werd kort na de pogrom gebouwd. Tot 1968 hebben processies en evenementen in Deggendorf plaatsgevonden als aflaat voor de moord op Joden.